3ans après la 1er aventure dans le digimonde, de nouveaux digisauveurs sont choisis : Davis, Cody, Yolei et Ken . Mais deux des anciens digisauveurs ( première saison) continue à faire parti de l'équipe, il s'agit de TK et Kari.

Si les digisauveurs sont nommés c'est qu'il y a un problème dans le digimonde 1er problème , celui de l'empereur des digimons : il s'agit de Ken qui est manipulé par un digimon : Arukenimon . Ken ou plutôt l'empereur des digimons traite les digimons comme des esclaves et détruit le digimonde. Heureusement nos amis digisauveurs arrivent et remette Ken dans le droit chemin. Mais tous les problèmes ne sont pas résolus ! il faut s'occuper de Arukenimon maintenant, mais les choses se gatent quand elle décide de créer un digimon sur-puissant : Blackwargreymon ! Blackwargreymon commence par détruire toutes les pierres du destin et met le digimonde et le monde réel en danger !...