En 2010, le gouvernement des Nations unies de la Terre a mis fin à la Ière Guerre Spatiale avec les géants Zentradi. La Terre étant ravagée, des flottes coloniales destinées à trouver de nouveaux mondes habitables sont envoyées aux quatre coins de la galaxie régulièrement. Nous sommes en 2045. Cela fait sept ans que la 37ème flotte d'émigration commandée par le New-Macross 7 se dirige vers le centre de la Voie lactée. Alors que la flotte s'approche du système solaire de Varauta, elle est attaquée par un étrange ennemi dont les appareils ressemblent étrangement à ceux utilisés par les Nations Unies. Les Varauta utilisent un rayon absorbant l'énergie vitale des humains, la spiritia, ce qui plonge les victimes dans un état comateux. L'armée est complètement dépassée par les évènements. Le seul espoir semble provenir d'un groupe de rock et de son chanteur, Nekki Basara, dont les chansons, comme celles de Lynn Minmay, perturbent les ennemis. Alors que l'armée intègre le groupe des Fire Bomber dans ses rangs en tant que membres d'un projet expérimental utilisant l'énergie sonore, on apprend la vérité sur les Varauta. Ce sont des humains et des Zentradi ayant subi un lavage de cerveau et qui ont réveillé par mégarde le fléau scellé dans le système Varauta et qui a failli détruire toute vie il y a des milliers d'années, les Protodeviln. Les Protodeviln sont des armes biologiques artificielles et conscientes con�ues par les Protocultures mais qui se sont retournées contre eux. Pour survivre, les Protodeviln ont besoin de se nourrir de spiritia. Après avoir vidé la galaxie de presque toute la spiritia, les Protodeviln se sont affaiblis et ont pu être scellés dans le système Varauta par les Protocultures survivants. Aujourd'hui, les Protodeviln ne veulent pas refaire la même erreur et comptent avoir la ma�trise de l'Anima Spiritia, c'est-à-dire la spiritia s'auto-régénérant, et pour ce faire, ils ont besoin de mettre la main sur Nekki Basara et la flotte du Macross 7...