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Sydney Bristow serait une �tudiante comme les autres, si elle n'�tait �galement un agent de terrain d'une branche secr�te de la C.I.A., le SD-6, qui l'a recrut�e l'ann�e de son entr�e � l'universit�. Tout bascule lorsqu'elle r�v�le la v�rit� � son petit ami, Danny Hecht, qui vient de la demander en mariage�: en brisant la r�gle du silence, elle le condamne � mort et met sa propre existence en jeu.
C'est alors que r�appara�t son p�re, Jack Bristow. Celui-ci lui apprend que d'une part, il fait �galement partie du SD-6 et que d'autre part, ledit SD-6 n'est en rien une division de la C.I.A., mais une branche de l'Alliance�: Sydney travaille pour l'ennemi qu'elle pensait combattre.
Ne pouvant plus faire confiance � personne et d�sirant se venger, elle se tourne vers la - vraie - C.I.A. et propose ses services comme agent double. Plac�e sous l'autorit� de l'agent Michael Vaughn, elle devra poursuivre ses missions pour le SD-6 tout en rendant compte � la C.I.A. Mais lorsqu'elle d�couvre que son p�re serait lui aussi un agent double, elle commence � se poser des questions sur ses v�ritables all�geances...